该种的主要特征是菌盖和菌柄表面覆盖褐色的鳞片;菌肉受伤变粉色;担孢子较大;褶缘囊状体腹鼓喙状(ventricose-rostrate)至梨形。孙佳悦等,2020在我国报道的大孢小蘑菇与 Zhao et al.对其模式标本的描述略存差异:我国的标本的菌盖直径稍大(18.0~23.0mm),模式标本更小(5~12mm);前者菌柄较长较细(37.0~50.0 ×1~2mm),外形更为纤细,后者菌柄较短(20~30×1~1.5mm)。
该种在小蘑菇属中较易识别,其孢子大小为6.8~8.5×3.4~4.5μm,明显大于该属其他已知物种,如棕色小蘑菇M.arginophaea孢子为4.0 ~ 5.5×2.5~3.0μm;拟白色小蘑菇M.pseudoarginea孢
子为4.0~5.0×2.5~3.2μm。宏观形态上该种与 M.lateritia var.vinaceipes较为相似,但后者孢子较小,为5.0~6.0×3.0~3.5μm,可以与该种明显区分。系统发育树中,我国的标本与模式标本序列聚为独立分支,分支具有较高支持率。
