假根蘑菇隶属于蘑菇属Spissicaules组。蘑菇属的共同特征是菌褶离生，幼年白色至粉色，成年褐色；孢子印褐色；存在内菌幕，有时形成菌环。Spissicaules组的特征是菌盖有褐色调鳞片，滴加KOH后菌肉不变色或缓慢变黄色，Schäffer's reaction阴性或弱阳性，菌肉受伤白色或略变红色、橙色，菌柄基部的菌肉有时变黄色。假根蘑菇比较显著的特征是其菌柄基部会有一根向下延伸的细长假根，假根有时会分叉。除了这个特征和上述共同特征外，假根蘑菇的特征还包括菌盖白色，有浅褐色同心环纹状排列鳞片；菌环以下部分的菌柄光滑；孢子宽椭圆形；菌柄基部受伤变黄；（基于李赛飞对我国标本的描述）褶缘囊状体极少。
讨论
该物种在形态上的变化较大，因此菌物学家一直对本物种的身份存在争议（见下文“分类学争议”），其中的争议点包括褶缘囊状体的数量、菌肉气味、孢子形状等。褶缘囊状体丰富和缺乏褶缘囊状体的物种曾被归类为两种，但近年的系统发育学研究证明它们是同一个物种。李赛飞和卯晓岚（在A. radicatus Vittadini sensu Bres.名下）报道我国的样本褶缘囊状体极少。在Agaricus planipileus的描述中提及了部分样本可能由于年龄问题会缺乏褶缘囊状体，故假根蘑菇也可能存在类似的情况。我国的样本通常被报道为气味不明显或蘑菇味，但国外一些记载具有“墨汁味”的个体经系统发育学研究后证明也是假根蘑菇，说明它在气味上也较为多变。
相似物种
北京蘑菇Agaricus beijingensis是同组的一个相似种。它有时也有明显假根，和本种的区别是其菌环以下部分的菌柄被纤维状至卷毛状鳞片；孢子椭圆形。北京蘑菇的描述中提到了褶缘囊状体，但并未描述其数量。
林地蘑菇A. sylvaticus这一较为著名的物种常和假根蘑菇混淆。林地蘑菇的菌盖颜色更深，菌肉受伤变红，缺乏假根。
一些环柄菇属Lepiota拥有褐色鳞片的物种容易被初学者误认为蘑菇属物种，环柄菇的菌褶白色，而蘑菇属物种（包括假根蘑菇）菌褶幼年白色或粉色，老后变为褐色。
分类学争议
“Agaricus radicatus”（不合法名称）与“A. romagnesii”名称的提出
1832年，Vittadini发表了Agaricus campestris [var. pratensis] “β radicatus” Vittad.这个名称，归属于蘑菇属Agaricus（早期的蘑菇属范围较广，包括了大多数的伞菌，相当于现在的蘑菇目）。长期以来，该物种都被认为是一种可食用菌。Bresadola（1931）将该物种转移到了Psalliota属（该属的范围相当于今天的狭义蘑菇属Agaricus），即Psalliota campestris var. radicata (Vittad.) Bres.。
Romagnesi (1937)认为该物种不应当处理为Psalliota campestris（也就是现在的四孢蘑菇Agaricus campestris）的一个变种，而应该是一个独立的物种。Romagnesi认为两者的差异较多，例如该物种存在褶缘囊状体，菌盖有褐色鳞片，菌肉的气味微弱，孢子椭圆形，孢子偏小等特征都与四孢蘑菇有差异。事实上，Bresadola在他对此变种的描述中并未提及褶缘囊状体，但在对其他变种的描述中都提到了。他将这个变种独立为种，即Agaricus radicatus (Vittad.) Romag.，然而这个名称是Agaricus radicatus Relh. 1786的晚出同名，因此被废弃。
1977年，Wasser基于他所采集到的一份标本，发表了新物种Agaricus romagnesii Wasser，这个物种符合Romagnesi所观察到的样本，代替了不合法的Agaricus radicatus (Vittad.) Romag.。
“Agaricus bresadolanus”名称的提出
1969年，Bohus，研究了大量符合Bresadola (1931)中描述的样本，他也发现了微弱的菌肉气味，但却未发现褶缘囊状体。另外，这些样本在菌柄形状、孢子大小和生境上和Romagnesi所描述的A. radicatus存在区别。他将这些样本发表为了一个新物种，即Agaricus bresadolanus Bohus 1969。
“Agaricus infidus”（不合法名称）与“A. alessii”名称的提出
1964年，Essette在他的书中提到了“Psalliota radicata”可能会导致腹泻。Alessio (1975)认为这种有毒的蘑菇可能代表了一个新物种，并发表为了一个新物种。然而实际上，Alessio所发表的物种和Essette所描述的物种，除了都有毒外，形态学上有许多的差异。另外Alessio发表时采用了“Psalliota infida (=Agaricus infidus)”的格式，这导致他同时发表了Psalliota infida和Agaricus infidus两个名词，根据深圳法规条例36.3，这两个名称作废。1991年，Curreli & Contu提出了A. alessii Curreli & Contu用来替代这两个作废的名字。
分类学争议
Reid (1972)认为Romagnesi概念上的“Agaricus radicatus”是A. bresadolanus的异名，虽然后者在发表时缺乏褶缘囊状体，而前者拥有褶缘囊状体。Reid认为褶缘囊状体的有无不足以将它们区分为两个种。1977年，Wasser基于他所采集到的一份标本，发表了新物种Agaricus romagnesii Wasser，但这个物种存在褶缘囊状体，描述符合Romagnesi所观察到的样本的特征。Bon曾将Agaricus romagnesii处理为Psalliota infida的异名，也曾将Psalliota infida处理成Agaricus romagnesii下的一个变种。1999年，Nauta根据他的研究认为上述A. radicatus、A. bresadolanus、A. romagnesii均为同一物种，而褶缘囊状体的不同特征属于种内差异。
系统发育学出手
2023年，对这一系列物种的系统发育学研究表明，所有被定名为A. bresadolanus的标本、A. romagnesii的模式标本和两份被定名为A. infidus的标本在系统树上聚为一支，是同一个物种，除去两个不合法名称，剩下的名称中最早发表的是A. bresadolanus，故该物种被命名为A. bresadolanus，即一般意义上的假根蘑菇。另有2份非模式标本的A. romagnesii和A. litoralis聚为一枝。A. alessii标本的状态不好，无法测序，但形态学上它们明显与假根蘑菇有区别，故属不同物种，它的真实身份可能是假草地蘑菇A. pseudopratensis。不过，我国的假根蘑菇样本并未参与系统发育学研究，因此无法确定我国长期被冠以“假根蘑菇”之名的是否是真正的假根蘑菇。
