真菌界系统发育树

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基于二十一世纪以来对真菌界的系统发育研究，绘制出了下列系统发育树，展现了真菌界的主要分支之间的演化关系。

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  • 动物总界Holozoa
  • 菌物总界Holomycotes

    • Rotosphaerida

      • 核形虫目Nucleariidae
        • 核形虫属Nuclearia
      • 泉生虫目Fonticulaceae
        • 泉生虫属Fonticula
      • Parvularia属
    • 真菌界

      • 后孢菌类Opisthosproidia

        • 罗兹菌门Rozellomycota（隐真菌门Cryptomycota、罗兹菌类Rozellidea）

          • 罗兹壶菌属Rozella
          • 噬核菌属Nucleophaga
          • Paramicrosporidium属
          • Morellospora属
        • 微孢子虫类Microsporidia
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        • 远日菌门Aphelidiomycota

          • 远日菌属Aphelidea
          • Amoebaphelidium属
          • Paraphelidium属
          • Pseudaphelidium属
        • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 

          • 壶菌亚界Chytridiomyceta
            • 壶菌门Chytridiomycota
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              • 单毛壶菌门Monoblepharidomycota
              • 新丽鞭毛菌门Neocallimastigomycota
          • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 

            • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 
              • 芽孢霉门Blastocladiomycota
              • Sanchytriomycota
            • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 

              • 油壶菌门Olpidiomycota
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                • 捕虫霉门Zoopagomycota
                  • 蛙粪霉亚门Basidiobolomycotina
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                    • 捕虫霉亚门Zoopagomycotina
                    • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 
                      • 虫霉亚门Entomophthoromycotina
                      • 梳霉亚门Kickxellomycotina
                • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 

                  • 毛霉亚界Mucoromyceta
                    • 球囊菌门Glomeromycota
                    • Calcarisporiellomycota门
                    • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 
                      • 被孢霉门Mortierellomycota
                      • 毛霉门Mucoromycota
                  • 双核亚界Dikarya

                    • Entorrhizomycota门
                    • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 
                      • 担子菌门Basidiomycota

                        • 柄锈菌亚门Pucciniomycotina
                        • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 
                          • 黑粉菌亚门Ustilaginomycotina
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                            • 伞菌亚门Agaricomycotina
                            • 节担菌纲Wallemiomycotina
                      • 子囊菌门Ascomycota

                        • 外囊菌亚门Taphrinomycotina
                        • ᅟᅠ        ‌‍‎‏ 
                          • 酵母亚门Saccharomycotina
                          • 盘菌亚门Pezizomycotina